有机肥厂在运营过程中需要办理的主要证件包括：

1. 工商营业执照：
   • 重要性：根据《中华人民共和国公司法》第六条和第七条，设立公司应依法向公司登记机关申请设立登记，并获取公司营业执照。营业执照是公司成立的标志，应载明公司名称、住所、注册资本、经营范围等事项。
   • 办理流程：申请者需要准备公司名称、注册资金、法定代表人身份证等资料，并在相关部门提交申请，完成审批后即可领取。
2. 肥料生产许可证：
   • 重要性：肥料生产许可证是确保肥料产品质量和安全性的重要凭证，证明生产企业具备符合国家或行业标准的生产条件和质量管理体系。
   • 办理条件：申请肥料生产许可证需满足一系列条件，如拥有与所生产肥料相适应的技术人员、生产场所、设备设施等，并遵守相关质量管理和安全防护规定。
3. 肥料登记证（对于生物有机肥）：
   • 重要性：生物有机肥属于微生物肥料的一种，需要办理微生物肥料登记证。该证由农业农村部负责登记，确保生物有机肥符合相关标准和要求。
   • 办理要求：申请者应是经工商行政管理机关正式注册，具有独立法人资格的肥料生产者。并具备微生物肥料生产设备、化验检测设施，能够开展生物有机肥的生产和质量检验。
4. 税务登记证：
   • 重要性：税务登记证是进行纳税的凭证，也是开具发票的必要证件。
   • 办理流程：申请者需要准备公司名称、工商营业执照等材料进行申请，完成审批后即可领取。
5. 其他相关证件：
   • 根据生产有机肥的具体情况和当地行政管理要求，可能还需办理环境评估报告、组织机构代码证、注册资金（银行开户）等证件或手续。

在办理以上证件时，建议咨询当地工商行政管理部门或相关行业协会，以获取更具体和准确的办证指南和要求。同时，不同地区的具体要求和流程可能有所不同，因此需要根据实际情况进行办理。